História kláštora
Archeologické výskumy dokázali, že už v období Veľkej Moravy sídlili na tomto mieste vyspelé slovanské kmene. Ešte pred príchodom mníchov osídlili toto skalné bralo nad údolím Hrona pôvodní slovanskí obyvatelia.
V rokoch 1063 – 1074 vládol v Ostrihome uhorský kráľ Šalamún a v Nitre, ktorá bola sídlom údelného vojvodstva, vojvoda Gejza, Šalamúnov bratranec, ktorý sa neskôr stal kráľom. Gejza viedol so Šalamúnom urputný boj o zachovanie údelu. Na Gejzovej strane stála aj pápežská kúria a uhorskí biskupi. Je pochopiteľné, že podporoval usadenie benediktínov na svojom území nitrianskeho vojvodstva. V roku 1074 Gejza zvíťazil nad Šalamúnom a s podporou byzantského cisára získal moc nad väčšou časťou krajiny. Šalamún mal starý benediktínsky kláštor v Pannolhalme, dnešnom Maďarsku.
Gejza nechcel byť horší, a preto sa rozhodol, že aj on založí nový, vlastný benediktínsky kláštor. Otázkou bola len lokalita. Výber padol na miesto, ktoré bolo hlboko na území Nitrianskeho kniežatstva a už oddávna nazývané Slovenská Brána (dnešný Hronský Beňadik). Stála na veľmi dôležitej dopravnej trase. Spájali sa tu dve cesty: zo západu a z južného Slovenska, a pokračovali ďalej na Zvolen a na východ Dalo by sa povedať, že ten, kto kontroloval túto trasu, vedel veľmi dobre, čo sa deje v jeho krajine. Týmito trasami najčastejšie cestovali kupci zo západu na východ a naopak. Bolo to teda strategické miesto. Na skalnatom brale nad riekou Hron vyrastal od X. storočia mohutný kláštorný komplex. Podľa archeologických nálezov bolo miesto osídľované nepretržite od mladšej doby kamennej.
Je veľmi pravdepodobné, že kláštor existoval už pred rokom 1075. Zakladajúca listina datovaná týmto rokom je súpisom majetkových práv už existujúceho kláštora. Na jeho význam poukazuje aj listina z roku 1209, ktorou pápež Inocent III. potvrdil jeho majetky. Dôležitosť kláštora vyplývala aj z jeho pôsobenia ako hodnoverného miesta, ktoré v živote feudálnej spoločnosti zohrávalo nezastupiteľnú úlohu. Vydávali sa tu všetky druhy písomností, overovali listiny, úradne riešili majetkoprávne spory, spravoval archív, deponovali cennosti. Svoje písomnosti tu archivovala aj okolitá šľachta. Je zrejmé, že takéto činnosti museli vykonávať primerane školení členovia rádu, pôsobiaci i mimo múrov kláštora v širšom okolí. Takúto úlohu plnilo opátstvo až do konca feudalizmu.
Vojnové udalosti v Uhorsku po moháčskej porážke a následné ohrozenie Turkami sa stalo osudným pre ďalší vývoj kláštora. Rozpustili kláštornú komunitu, v prvej polovici 16.storočia kláštor zanikol a vyrástla z neho mohutná renesančná pevnosť. Z tohto obdobia poznáme i posledných volených opátov. Po nich panovník menoval iba gubernátorov. Majetky kláštora prešli do správy ostrihomskej kapituly. Kláštor bol vojenskou pevnosťou a pod jeho hradbami sa veľakrát odohrala vojenská akcia. Turci v roku 1599 mesto spustošili a vypálili. Kláštor zotrval ako pevnosť až do konca tureckých nájazdov.
V roku 1881 vypukol v meste požiar, ktorý poškodil aj časť kláštorného areálu. Ten bol až do roku 1889 opravovaný. V roku 1929 prišli do Beňadika saleziáni. V roku 1951 tu boli internované rehoľné sestry z Kongregácie Božského Vykupiteľa. V roku 1990 sa opäť vrátili saleziáni. V roku 1999 na miesto saleziánov nastúpila Spoločnosť katolíckeho apoštolátu – pallotíni. Od roku 2015 je kláštor v správe Nitrianskeho biskupstva.